Интересно было бы узнать мнение человека, который данные произведения всё-таки читал.

Второй момент - FBE навставлял пробелов, чтобы у тэгов были отступы. В принципе, я сам - сторонних хорошей индентации, но (увы и ах!) такое "прихорашивание", строго говоря, вносит совершенно лишние элементы в структуру документа (пробелы между тэгами являются элементом text). Хотя, с другой стороны, повсеместное применение тэга "p" позволяет читалкам игнорировать элементы text...В общем, надо будет не забыть допилить такую возможность в LOPyFB2Tools, но строго опционально.

Далее, какие ещё изменения были внесены FBE:
1) Жанры заменены на comp_programming. Зачем? Я думаю, это лично твой косяк, а не FBE.
2) Вставлен пустой тэг date.
3) Содержимое тэга history приводит в замешательство. Никогда такого не видел. Для каких читалок это предназначается, а если не для читалок, то зачем вообще было что-то менять? Спецификация позволяет иметь несколько элементов p (и не только их) в элементе histroy.
4) В title добавлено имя автора и серия. Ничего не имею против, в принципе.
5) Юникодные стрелочки заменены на ">" (соответственно, эскейпнутыми, как полагается в XML). Ясно, что это - дань убожескому CP-1251, поэтому опускаем.
6) Удалены двойные пробелы в нескольких местах. Странно, я вроде их вычищал...Сейчас проверил в исходном odt - двойных пробелов нет. Ох, что-то тут нечисто...
7) Пробелы после тирэ (в начале строк в диалогах) заменены на символы с кодом 160 (судя по всему - неразрывные пробелы). Одобряю. Не знал, правда, что читалки понимают такие тонкости (да и, если честно, пользы от неразрывных пробелов в ЭТИХ местах никакой - и так начало абзаца же...)
8) Удалены некоторые из вставленных мной пустых строк (вокруг поэм и разделителей). Ну, если такая мода - ладно, я и сам толком не знал, стоит ли их вставлять.
9) Разделители "* * *" заключены в тэг subtitle. Ну, если читалки это адекватно воспринимают, и смысл есть - то хорошо.
10) В шести местах стихотворение-эпиграф в начале главы (с разметкой epigraph-poem-stanza-v-v-v-v...-/stanza-/poem-/epigraph , с опциональной добавкой text-author перед закрытием эпиграфа) было сконвертировано в обычный текст. Зачем? Требую объяснений!
11) В одном месте было ожирное тирэ в начале абзаца, оно было заменено на жирное тирэ-и-пробел. Жирное тирэ - это мой косяк, а вот пробел тут ни к чему...
Но были ещё изменения, причём из диффа никак не было ясно, что же было изменено. Пришлось собирать wdiff.
wdiff сказал:
Тирэ с кодом 8212 (Em Dash) были заменены на тирэ с кодом 8211 (En Dash). Тут можно было и так и этак: можно было убрать пробелы вокруг Em Dash, а можно было заменить Em Dash на En Dash (что и было сделано).
Некоторые En Dash в словах с тирэ ("человек-молекула", "из-за") заменены на обычный дефис (с кодом 45). Как-то двояко. Если применение En Dash вообще допускается (а так и есть - см. предыдущий абзац), то зачем было убирать En Dash в случаях, когда он _должен_ применятся (согласно английским стандартам, En Dash используется в составных словах; в русском вообще тирэ только одно), и заменять на дефис (который вообще-то вроде служит для переноса слов по слогам)?