таблицы правильно (для читалки CoolReader) конвертирует OpenOffice с приблудой OOOFBTools. Но, к сожалению, напрочь игнорирует картинки(по крайней мере, та версия, которая у меня сейчас).
Вообще, если есть таблицы, то надо делать 2 версии: одна версия для CoolReader и ей подобных, которые умеют читать таблицы и другая версия для других читалок(которые этого не умеют) с заменой таблиц на рисунки(её можно сделать например так: из версии с таблицами, уже загруженной на Либрусек) в режиме чтения(идентификатор книги/read) копипастим в Paint или другую программу работы с графикой рисунки таблиц, обрабатываем их как надо и затем вставляем эти рисунки в FBE в местах, где стоят таблицы, затем удаляем таблицы.
Чтобы Либрусек не посчитал версию без таблиц дублем, рекомендую в FBE принудительно изменить ID книги, тогда она будет иметь другой ID и не будет восприниматься, как дубль. Также перед заливкой версии с заменой таблиц на картинки, нужно изменить название первоначальной книги на название книги[версия с таблицами] (т.е. приписать слова версия с таблицами в поле дополнительной информации. Естественно, что для версии без таблиц тоже нужно внести аналогичную информацию в название книги после заливки.

Уточните: после конвертации в какой формат сбивается содержание и таблицы?
Если книга изначально в вордовском формате, эти поля при сохранении в другом вордовском формате не содержат критической ошибки.

Конвертацию в FB2 лучше всего исполнять в FBE. В FB2 работают тэги XML. После конвертации надо проверить на валидность встроенным и внешним валидаторами (см. ссылку http://lib.rus.ec/soft). У валидного файла оглавление будет сформировано на сайте автоматически.
Для сооружения таблиц в FBE есть спецскрипт.