Юхан Пээгель родился 19 мая 1919 года на Сааремаа.

В 1938 году он закончил там же общеобразовательную гимназию, а в 1951 году – Тартуский университет по специальности «эстонский язык и литература».

В 1938 – 1939 годах Пеэгель работал главным редактором газеты Meie Maa в Курессааре.

В 1940 – 1945 годах Пеэгель воевал в эстонском корпусе Красной армии и служил в рабочем батальоне.

В 1947 – 1952 годах работал в газете Postimees и Edasi.

В 1954 году он защитил кандидатскую диссертацию по морфологии эстонского языка, а в 1975 году в Московском университете Пеэгель защитил докторскую диссертацию по истории эстонской журналистики.

Начиная с 1957 года Юхан Пеэгель работал доцентом в Тартуском университете, с 1978 года по 1986 год он возглавлял кафедру на факультете журналистики.

В 1976 году Пеэгель получил звание профессора, а в 1993 году – стал эмерит-профессором университета.

Пеэгель удостоин ряда государственных наград, в 1999 году получил звание почетного жителя Тарту.

В 1999 году ученый назван в Эстонии «фигурой 20-го века»

Пээгель скончался в больнице от непродолжительной болезни 6 ноября 2007 года.