Сергей Иванович Ковалёв родился в 1886 году на Урале, в семье управляющего имением. Уже в юношеские годы включился в революционную деятельность. До 1904 года он учился в Уфимской гимназии, а весной 1908 года сдал экстерном экзамены на аттестат зрелости и осенью поступил на физико-математический факультет Петербургского университета. Через два года Сергей Ковалёв перешёл на историко-филологический факультет, и занятия историей становятся главным делом его жизни. Не окончив университетского курса, Ковалёв в 1915 году оказался на военной службе и только в 1918 году возобновил занятия в университете. Тогда же он начал преподавать в средних учебных заведениях Петрограда. С 1919 года - вновь на военной службе, уже в Красной Армии, на которой, находясь на культурно-просветительной работе в качестве преподавателя истории - в частности, долгое время - в Военно-политической академии им. В.И.Ленина, оставался до 1938 года. Без отрыва от службы в РККА он в 1922 году окончил историко-филологический факультет Петроградского университета, с 1924 года стал преподавать в университете и педагогическом институте, а в 1930-1937 годах работал в Государственной академии истории материальной культуры (ГАИМК), где возглавлял сектор истории древнего мира. В дальнейшем также работал в системе Академии наук СССР (в частности, в Ленинградском отделении Института истории АН СССР, откуда ушёл только в 1950 году). После восстановления в СССР системы преподавания истории в 1934 году С.И.Ковалёв был назначен завкафедрой истории древнего мира (позднее - истории древней Греции и Рима) на вновь открытом историческом факультете Ленинградского университета. На этом посту он проработал до 1956 года, а вообще в ЛГУ - до 1958 года. В последние годы жизни учёный работал также в Музее истории религии и атеизма Академии наук СССР, где в 1956-1960 годах был директором. Как учёный, С.И.Ковалёв особенно много занимался проблемами эллинистической и римской истории. Прирождённый оратор, он великолепно читал курсы античной истории, историографии, которая в его изложении превращалась в панораму европейской классицистической культуры, и раннего христианства. Его "История Рима" (издана также в Италии) до сих пор остаётся одним из лучших университетских курсов по римской древности.